Osmanlı İmparatorluğu ile Yunanistan arasındaki diplomatik ilişkiler 1834’te kurulmuştur. Selanik’in, Balkan Savaşlarında 1912 yılında Yunan hakimiyetine geçmesinden sonra, 1913’te Selanik Başşehbenderliğinin faaliyete geçtiği tahmin edilmektedir. Bu çerçevede, Başkonsolosluğumuzu Türkiye’nin yurtdışındaki en eski temsilciliklerinden biri olarak nitelendirmek mümkündür.

Başkonsolosluğumuz, mutad görevlerinin yanı sıra, Cumhuriyetimizin Kurucusu, Türk Ulusu’nun Ebedi Önderi Mustafa Kemal Atatürk’ün Selanik’te doğduğu Ev’in 1937 yılından itibaren korumasını ve idamesini üstlenmiş olmakla, kıvanç duyduğu özel bir vazifeye de sahiptir. Ev, Atatürk’ün naşının Anıtkabire taşınması ile eş zamanlı olarak 10 Kasım 1953 günü törenle ziyarete açılmıştır.

Atatürk Evi’nin devletimize armağan edilmesi sonrasında, Ev’in civarında bulunan küçük ev ve arsalar, değişik tarihlerde satın alınarak, burada Atatürk’ün talimatıyla inşa ettirilen mevcut Başkonsolosluk binamız 1939 yılında kullanıma açılmıştır. Daha sonra da, ek alımlarla, yerleşkemiz bugünkü durumuna ulaşmıştır.